Morten Skoubo (født 30. juni 1980) er professionel fodboldspiller.

Han startede sin karriere i barndomsklubben Struer.

Fra 1999 til 2003 spillede Skoubo i FC Midtjylland, hvor den tyske storklub Borussia Mönchengladbach kom på banen med et tilbud, som blev accepteret.

Skoubo fik aldrig spillet til at fungere i Tyskland, så Gladbach udlejede ham til den engelske klub West Bromwich Albion, men det eventyr varede kun et halvt år, hvorefter han vendte tilbage til Gladbach.

I 2004 kom det danske storhold Brøndby IF på banen med et tilbud, som Gladbach ikke kunne afslå, og dermed var Skoubo tilbage i Danmark.

Han fik med det samme succes i BIF og blev sammen med den svenske landsholdsspiller Johan Elmander én af SAS-ligaens farligste angribere.

I januar 2006 underskrev han en kontrakt med den spanske klub Real Sociedad.

Alt i alt fik han scoret ca. 30 mål i 60 kampe for Brøndby IF.

Han har spillet 2 A-landskampe.

Skoubos styrke på en fodboldbane er først og fremmest hans hovedspil. Han er ca. 190 cm høj og er samtidlig er meget fysisk stærk spiller og er god til at spille med ryggen mod målet.